בפרשת לורן מבני תעשיה (ע"מ 31352-12-13) נדונה סוגיית אופן קיזוז מס תשומות, נוכח פעילותה המעורבת של חברה העוסקת בהשכרת נכסי מקרקעין שבבעלותה, אשר דיווחה לעניין מע"מ על הכנסות חייבות מהשכרה שלא למגורים וכן על הכנסות פטורות מהשכרה למגורים. לחברה היו הוצאות נוספות בגינן ניכתה את מלוא מס התשומות, וביניהן הוצאות ריבית על הלוואה שנתקבלה מחברה קשורה עבור רכישת יחידות מלונאיות ומבנה תעשייה, הוצאות כלליות עבור שכר טרחה ששולם לעורכי הדין ורואי החשבון של החברה והוצאות ניהול תיק ניירות ערך.

לעניין ההוצאות הריבית בגין ההלוואה שנתקבלה מחברה קשורה – רשויות מע"מ טענו שההלוואה כולה הינה כנגד מימון רכישת יחידות מלונאיות וניתנה בסמיכות זמנים למועד ביצוע התשלומים עבור הרכישה ובהתאם שללו את ניכויו של רבע ממס התשומות על הריבית ששולמה. לעומת זאת, החברה טענה כי אין מקום להיתפס לסמיכות הזמנים בין קבלת כספי ההלוואה מהחברה הקשורה לבין ביצוע התשלומים, אלא יש להביט על מקורות המימון הנוספים שעמדו לרשותה, ולהתיר בניכוי את מלוא מס התשומות בקשר להוצאות הריבית ששולמו. בית המשפט קבע כי סמיכות קבלת ההלוואה לרכישת היחידות המלונאיות איננה מצדיקה בהכרח "צביעת הכסף" וייחוסו אליהן, כאשר קיימים מקורות מימון נוספים וחלופיים, וזאת בהתאם לעקרון הקובע ש"לכסף אין סימן היכר". בבואו לקבוע את יחס ניכוי מס התשומות, יישם בית המשפט מפתח המתחשב בשני מקורות המימון (הלוואה מחברה קשורה והלוואה מבנק) וכן בשני השימושים (רכישת היחידות המלונאיות ורכישת מבנה תעשייה), אשר היו בהיקפים שקולים. מאחר שכ-36% מסך המימון שימש לרכישת מבנה התעשייה, הוכר מס התשומות בגין רכישה זו באופן מלא. לגבי 64% הנותרים, בית המשפט התיר בניכוי רק שלושה רבעים ממס התשומות, כנגד שלוש היחידות אשר הושכרו בעסקאות חייבות במע"מ ולא התיר בניכוי את מס התשומות בגין היחידה שהושכרה למגורים בפטור ממע"מ. כלומר, נשללו 16% ממס התשומות (בניגוד לשלילה בהיקף של 25% על פי קביעת רשויות מע"מ).

לעניין ההוצאות הכלליות – רשויות מע"מ טענו כי קיומן של עסקאות פטורות מחייב שלילת ניכוי מס התשומות בנוגע להוצאות אלה באופן יחסי, בהתאם למשקל ההכנסות הפטורות לכלל ההכנסות, בעוד שהחברה טענה שמכיוון שמדובר בהוצאות שהוצאו לצורכי העסק, גם תשומות המשמשות לעסקה פטורה, כמו גם אלו המשמשות לעסקה חייבת, יהיו מותרות בניכוי. בית המשפט קבע שבהיעדר אפשרות לשייך את ההוצאות הכלליות לעסקאות ספציפיות או לקבוע מה היה "עיקר השימוש" בהן, יש לסווגן לפי האופי הכללי של פעילות החברה בכל תקופה, אולם אין להידרש בהכרח למפתח יחס ההכנסות. עם זאת, ובהיעדר כל הצעה אחרת מצד החברה שהתעקשה על ניכוי מלא, יושם הניכוי בהתאם למפתח הכנסות לכל שנה.

לעניין הוצאות ניהול תיק ניירות הערך – החברה טענה כי דמי הניהול הוצאו לצורך השגת הריבית ששימשה אותה בפעילותה העסקית ועל כן דמי הניהול שולמו לשם הצמחת "גורם הייצור", ואילו עמדת רשויות מע"מ הייתה שדמי הניהול הניבו הכנסה שכלל אינה חייבת במע"מ ולכן אין לנכות מס תשומות בגינה. בית המשפט קבע שמכיוון שההוצאות הכרוכות בטיפול בתיק ההשקעות של החברה נועדו להצמיח הכנסות (רווחי הון וריבית) ולא רק לגייס כספים כ"גורם ייצור", וכן שהתשואה על תיק ניירות הערך לא הייתה חייבת במס בידי החברה (ללא קשר לשימוש בפועל בכספי התשואה), התשומות הכרוכות בניהול תיק ניירות הערך לא יהיו מותרות בניכוי.