בפרשת מועצה אזורית בני שמעון (ע"א 2648/12) הפעילה מועצה אזורית בני שמעון (להלן-המועצה) באזור שיפוטה אתר לסילוק והטמנת פסולת (להלן- פעילות הטמנת הפסולת). בהיותה רשות מקומית מסווגת המועצה כמלכ"ר לעניין חוק מע"מ. ביום 6.9.2010 החליט מנהל מע"מ, בהתאם לסמכותו על פי סעיף 58 לחוק מע"מ, לשנות את סיווג המועצה ל"עוסק" בכל הקשור לפעילות הטמנת הפסולת. מנהל מע"מ טען כי בהתאם למבחנים שנקבעו בפרשת "בשערייך ירושלים" פעילות הטמנת הפסולת עולה כדי פעילות עסקית-מסחרית המובילה להפקת מע"מ גבוה באופן שיטתי המתבטא ברווחים נאים. לשיטת מנהל מע"מ, רווחיות פעילות הטמנת הפסולת, היתרון המסחרי שהיא מקנה למועצה והעובדה שהיא מנוהלת בנפרד משאר פעילות המועצה מלמדים כי יש להבחין בין האופי המסחרי רווחי של פעילות זו לבין שאר הפעילויות המוניציפאליות של המועצה בכובעה כמועצה אזורית.

המועצה ערערה לבית המשפט המחוזי אשר קבע כי קיים הבדל בין מלכ"ר ציבורי/שלטוני למלכ"ר פרטי ויש לבחון את פעילותם באמות מידה שונות. הפעילות שבעקבותיה שונה הסיווג היא פעילות במסגרת חובותיה וסמכויותיה של רשות מקומית ועל כן אין הצדקה לשינוי הסיווג, על אף שבהתאם למבחני "בשערייך ירושלים" יש לסווג את המועצה כ"עוסק".

מנהל מע"מ ערער על פסיקת בית המשפט המחוזי בהתבססו על פסק דין בעניין עיריית אשקלון (ע"א 1919/10), בו נקבע כי יש להחיל את מבחני "בשערייך ירושלים" גם על מלכ"ר שלטוני ולא ליישם את מבחן "הפונקציה השלטונית".

בית המשפט העליון נדרש לשלוש שאלות משפטיות. האם יש להחיל את מבחני "בשערייך ירושלים" גם על מלכ"ר שלטוני? במידה שהתשובה חיובית, מהי התוצאה של יישום מבחני בשערייך ירושלים על המקרה דנן? במידה שיש לסווג את המועצה כעוסק, מהו תוקפו בזמן של סיווג זה.

בית המשפט העליון קבע כי הלכת עיריית אשקלון שינתה את תמונת המצב המשפטית והינה הלכה מחייבת שלא ניתן להתעלם ממנה. אין מדובר בהלכה נושנה ואין מקום לפתוח אותה מחדש בעת זו. בית המשפט ציין כי הלכה זו אף קבלה משנה תוקף עת נדחתה בקשת עיריית אשקלון לקיים דיון נוסף בעניין. על כן נפסק, כי יש להחיל את מבחני ב"שערייך ירושלים" גם על מלכ"ר שלטוני.

בית המשפט פנה לשאלת יישומם של מבחני "בשערייך ירושלים" ופסק, כי יישום המבחנים מביא למסקנה שיש לסווג את פעילות הטמנת הפסולת כ"עוסק" לעניין חוק מע"מ. קביעת בית המשפט נשענה על ארבעה מבחנים מתוך השישה. בקשר ל"מבחן מטרת הרווח", נפסק כי נסיבות המקרה מצביעות על כך שהמטרה הזמנית של המועצה הייתה לייצר רווח תפעולי. נקבע, כי לאור היקף הפעילות המשמעותי לאורך זמן אשר הצמיח רווח תפעולי משמעותי, יש לבכר את שיקול המטרה הזמנית על המטרה הסופית. באשר למבחן "מאזן המוסד" נקבע כי יש להתמקד ספציפית בפעילות הכלכלית הרווחית מושא המחלוקת והדבר מצביע במקרה זה על פעילות של עוסק. מסקנה דומה התקבלה בקשר למבחן ה"אפשרות לפצל את הפעילות" לגביו נקבע כי פעילות הטמנת הפסולת נפרדת מפעילותה המוניציפאלית של המועצה.

באשר למבחן "הפגיעה הבלתי מוצדקת באוצר המדינה" נקבע, כי שירותי הטמנת פסולת ניתנים גם על ידי עוסקים, וכי חלק מהגופים העושים שימוש בשירותי הטמנה הינם עוסקים ועל כן, ניכר כי מדובר בעסקאות אשר המחוקק התכוון לחייב בגינן מע"מ. מנגד, ציין בית המשפט כי מבחן "חוקת הגוף" ומבחן "ההפליה בתחרות" מצביעים על פעילות מלכ"רית. בית המשפט העליון סיכם וציין כי יש לבחון את מהות פעילות מושא המחלוקת, כאשר המבחנים הם כלי עזר לביצוע המלאכה. לאחר יישום ושקילה של המבחנים השונים, הגיע בית המשפט למסקנה כי היקף הפעילות, משכה והרווח הנכבד שצמח למועצה הם בעלי המשקל המכריע לסיווג הפעילות כ"עוסק". באשר למועד החלת שינוי הסיווג נקבע, כי במקרה דנן שינוי הסיווג ייכנס לתוקף מיום החלטת מנהל מע"מ ולא מיום קבלת פסק הדין.